Bijna vier jaar na de aanslagen van 11 september 2001 en de daaropvolgende verdrijving van al-Qaeda uit Afghanistan, is de beweging veranderd van een fysieke organisatie in een gedistribueerde verzameling van ad-hoc verbanden zonder vaste leidingsstructuur op het internet. De beweging vertoont qua structuur gelijkenis met andere online gemeenschappen. In november 2001 was de transformatie blijkbaar al ingezet. Door Hamid Mir, de biograaf van Osama bin Laden, werd opgetekend hoe de helft van de leden die de bases in Afghanistan verlieten om zich elders te verbergen, naast een Kalashnikov ook een laptop meedroegen.
Dennis Pluchinsky, expert bij het Amerikaanse ministerie van Binnenlandse Zaken, zegt dat het internet tegenwoordig een belangrijke drijvende kracht achter de beweging is. Door de wijze waarop het web in elkaar steekt, slagen regeringen er niet in om de aanwezigheid op het internet tegen te houden of zelfs maar te bemoeilijken. Voormalig CIA-operatieleider Michael Scheuer zegt dat het internet een belangrijke mogelijkheid wegneemt om leden te treffen wanneer ze het meest kwetsbaar zijn, namelijk als ze in beweging zijn. Ten eerste hoeft er veel minder gereisd te worden en ten tweede, als er wel gereisd wordt hoeft er veel minder materiaal mee. Geen schema's, ontwerpen of formules; informatie wordt online gezet en wordt ofwel versleuteld of raakt verloren in de veelheid aan informatie. Er worden enorme dynamische online bibliotheken van trainingsmaterialen gebouwd evenals forums waar experts vragen beantwoorden. Deze informatiebronnen handelen over de meest uiteenlopende zaken zoals het maken van een bom uit vrij verkrijgbare materialen, hoe het beste op Amerikaanse soldaten geschoten kan worden of hoe men onopvallend Irak binnen kan sluipen.
Volgens onderzoekers van het Terrorism Research Center werd de waardevolste informatie over de aanslagen van 11 september op kinderlijk eenvoudige wijze uit handen van de inlichtingendiensten gehouden. Khalid Sheik Mohammed, een van de planners van de aanslagen die later in Pakistan werd gepakt, wisselde berichten uit door steeds nieuwe gratis e-mailaccounts aan te maken en berichten als concept (draft) op te slaan. Vervolgens werden de gebruikersnamen en wachtwoorden verspreid, zodat de inlichtingendiensten bot vingen bij het onderscheppen van Mohammeds e-mailverkeer aangezien de berichten nooit werden verstuurd. Een andere manier die de onderzoekers ontdekten was het sturen van grote hoeveelheden e-mailberichten om één bericht te verbergen. Het leek dan om spam te gaan en werd genegeerd.
Volgens John Arquilla van de Naval Postgraduate School wordt tegenwoordig vaak zeer krachtige encryptie gebruikt, waardoor boodschappen niet in redelijke tijd te kraken zijn. In de Verenigde Staten is om die reden voorgesteld om het versleutelen van criminele informatie als misdrijf aan te merken. Naar aanleiding van de bomaanslagen in Londen roept de Britse politie de regering nu ook op om een vergelijkbare wet aan te nemen en het achterhouden van encryptiesleutels strafbaar te stellen. Dergelijke wetgeving is echter niet zonder problemen, zo kan gesteld worden dat het de bewijslast omkeert aangezien een verdachte zijn eigen onschuld moet bewijzen door een geldige sleutel te overhandigen.