In de zogenoemde tweede lezing heeft het Europees Parlement tegen het voorstel van de Europese Raad van Ministers over softwarepatenten gestemd. De richtlijn is hiermee volledig verworpen en zal niet verder in behandeling worden genomen. Van de 732 parlementariërs stemden 648 tegen het voorstel van de Raad, waarmee de benodigde absolute meerderheid aan stemmen ruim was gehaald. Veertien parlementsleden bleken tegenstander van een definitieve verwerping van het voorstel. Had het Parlement ervoor gekozen aanpassingen aan het voorstel aan te nemen en het aangepaste voorstel aan de Raad voor te leggen, dan zou dat waarschijnlijk hebben geleid tot een bemiddelingspoging tussen de Raad en het Europees Parlement.
Het initiatief voor een eventuele nieuwe richtlijn voor softwarepatenten ligt nu bij de Europese Commissie. Deze kan besluiten een nieuw voorstel in te dienen, echter heeft de Commissie eerder aangegeven dat het een afwijzing van het huidige voorstel als definitief zou beschouwen. Daarmee lijkt nieuwe patentwetgeving voor de komende jaren in ieder geval van tafel. Vanuit de industrie wordt gesproken van een gemiste kans. Bedrijven als Nokia, Alcatel en Siemens hebben altijd laten blijken voorstander te zijn van een harmonisatie van de Europese patentsystemen. Het schrappen van de richtlijn krijgt echter wel hun instemming, nu door de vele veranderingen wellicht maar weinig van de richtlijn zou zijn overgebleven. Microsoft zei vandaag voor de stemming in het parlement dat bescherming van innovaties voor de softwarefabrikanten van groot belang is.
Tegenstanders van de patentenrichtlijn waren vooral te vinden onder de makers en voorstanders van open-sourcesoftware. Gisteren, toen het Parlement debatteerde over het voorstel, werd nog een demonstratie gehouden tegen de richtlijn. Ook het afgelopen jaar heeft de richtlijn tot veel protesten geleid, niet in de laatste plaats door de totstandkomingsprocedure, waarbij door sommigen vraagtekens werden gezet. Vanuit het Parlement werd zelfs een verzoek gedaan om die procedure over te doen. Dat verzoek werd afgewezen. Polen deed in december 2004 nog een geslaagde poging om de stemming in de Raad uit te stellen. In maart werd uiteindelijk toch een standpunt ingenomen door de Raad en voorgelegd aan het Parlement. Het voorkomen van een slap compromis was vandaag voor veel parlementsleden een reden om de richtlijn compleet van tafel te vegen.