DPC halen drie miljoen mijlpaal bij Genome@home

We schrijven donderdag 13 november, de Dutch Power Cows doorbreken de barrière van 3.000.000 punten bij het project Genome@home. Met deze mijlpaal neemt DPC ruim drie procent van het totale ingeleverde werk voor haar rekening. Niet slecht voor een team uit zo'n klein kikkerlandje, zeker gezien het feit dat er ruim 1800 geregistreerde teams zijn.

Al sinds februari 2001 doet DPC mee met Genome@home en draait reeds lange tijd mee in de top. Nadat DPC op 11 oktober jongstleden twee teams op één dag inhaalde en daarmee de zevende positie bereikte, is nu dus ook de grens van drie miljoen gepasseerd. Hopelijk kunnen we nog lang en goed meedraaien in de top en ontdekken we wellicht een gene of proteïne die een medicijn oplevert voor een bepaalde ziekte.

Wat is Genome@home

Genome@home is een distributed computing project van Stanford University. Bij distributed computing wordt de ongebruikte processorkracht van duizenden pc's over de hele wereld ingezet om berekeningen uit te voeren. Voor dit project bestaan de berekeningen uit het ontwerpen van nieuwe genen.

Het doel van Genome@home is het ontwerpen van nieuwe genen die werkende proteïnen kunnen vormen in een cel. De cliënt gebruikt een computeralgoritme (SPA) gebaseerd op de fysische en biochemische regels waar genen en proteïnen zich naar gedragen, om nieuwe proteïnen (en daarmee nieuwe genen) te ontwerpen die nog niet zijn gevonden in de natuur. Door het vergelijken van deze "virtuele genomes" met degenen die gevonden zijn in de natuur, kunnen we beter leren hoe de natuurlijke genomes zijn geëvolueerd en hoe natuurlijke genen en proteïnen werken.

Een aantal belangrijke toepassingen van de Genome@home virtuele genome proteïne ontwerp database zijn:

• Ontwikkelen van nieuwe proteïnen voor medische therapie
• Ontwikkelen van nieuwe medicijnen
• Toekennen van functies aan de vele nieuwe genen die dagelijks worden berekend
• Leren begrijpen van proteïne-evolutie

Het ontwerpen van een enkele gene sequence vereist zeer veel computerkracht. Dus voor het ontwerpen van honderden nieuwe sequences voor honderden nieuwe proteïnen zijn letterlijk duizenden computers nodig. Door de ongebruikte computerkracht van vele thuiscomputers te benutten kan deze doelstelling toch gehaald worden.

Surf naar de Scientific Background pagina van de Stanford Universiteit voor meer informatie over de wetenschappelijke achtergrond van genomen, proteïnen en de relatie tussen proteïnen en genen.

De nieuw te verwachten client

Eerder dit jaar werd de oude Genome@home-cliënt uitgerangeerd door de komst van een nieuwe Folding@home-cliënt die zowel kan folden als genomen. Dit had helaas tot gevolg dat diverse DPC-ers met een beperkte internetverbinding niet meer zo makkelijk konden meedoen, omdat de nieuwe client niet beschikt over een zogenaamde 'no-net' functie.

Gelukkig kunnen we binnenkort een nieuwe versie van de Folding@home-cliënt verwachten die in staat is om meerdere genome workunits ineens op te halen van de server. Hierdoor kan er langer worden doorgewerkt voordat de resultaten moeten worden teruggestuurd via het internet. Een releasedatum is nog niet bekend, maar er wordt inmiddels druk getest met de prerelease-versie, dus er is goede hoop dat hij op korte termijn beschikbaar komt.

Wil je ook meedoen met Genome@home?

Kijk dan in de Genome@home FAQ voor meer info over hoe je kunt meedoen. Er zijn zowel grafische als console-cliënts beschikbaar voor Windows, Linux en MacOS. Je kunt ook altijd terecht in de hitparades die dagelijks op het forum verschijnen, zoals bijvoorbeeld de Genome@Home hitparade van 13 november.

Reacties (26)

[Verwijderd]

Ik heb nu net de client gedownload en ik doe nu mee voor DPC. Ik vind dit eigenlijk wel nuttiger dan ET zoeken.
btw
M'n username is Balk_elende

[vehpol]

Kijk, dat vind ik nou een hele goede! Als iedereen nou eens zo dacht! Is net zoiets als Think, ook een stuk nuttiger dan die giga kleine kans op een aliens. En daar zijn ook al resultaten mee geboekt.

[Verwijderd]

Kijk, dat vind ik nou een hele goede! Als iedereen nou eens zo dacht! Is net zoiets als Think, ook een stuk nuttiger dan die giga kleine kans op een aliens. En daar zijn ook al resultaten mee geboekt.

Het is maar net hoe je het bekijkt.
De eerste zeelui werden ook voor gek verklaard, wie vaarde er nu naar het einde van de wereld ?!?


En ja het nut van SETI. Vergelijk het met een potje voetbal: het zou ook nuttiger zijn echte arbeid te verrichten. Punt blijft dat miljoenen mensen plezier beleven aan de sport...

Sommige mensen hopen nu eenmaal op 'contact' en die hoop is dan dus sterker dan de wil om mee te helpen aan het vinden van een geneesmiddel voor een ziekte. Wie weet, misschien kunnen die aliens wel al onze ziektes in 1 keer oplossen...

De menselijke geest is een raar iets. Maar wat mij opvalt is dat veel mensen commentaar hebben op het grootste dc project ter wereld terwijl je van de SETI kant toch eigenlijk nooit een onvertogen woord hoort over andere projecten. Het zal iets met de instelling en de gedachtengang van mensen te maken hebben denk ik...

[Verwijderd]

op het moment dat wij aliens vinden, vinden hun eigenlijk ons. daarmee bedoel ik, als ze op aarde kunnen landen dan is het een teken dat zij verder geevolueerd zijn als wij. dit is ook gelijk het gevaar. afgezien van het gevaar van hostile aliens kan ook de mens zeer hostile naar de aliens toekomen. op het moment dat zij hier zijn word namelijk duidelijk dat de mens niet het slimste wezen is (wat wij nu erg graag denken) waardoor wij direct alles willen weten van hoe de aliens werken

[YopY]

Wat ik mij nou afvraag, waarom denkt iedereen altijd dat aliens beter zijn dan mensen? waarom aliens altijd een hogere beschaving hebben, en technologisch zeer geavanceerd zijn? Wie weet zijn de eerste aliens (en dat is zeer waarschijnlijk) gewoon bacterien ofzo. of een andere lage vorm van leven.

[Verwijderd]

Ik heb ook zojuist de client geinstalleerd op 3 computers hier. Vroeger nog met Seti meegedaan, maar lijkt me dat dit inderdaad nuttiger is.

[Pim.]

Nu is het natuurlijk de bedoeling dat we (zoals het de DPC betaamt) zo snel mogelijk op de eerste plek komen

[Verwijderd]

Als ik de statistieken bekijk neem ik aan dat dat niet haalbaar is... andere teams schieten met een bijna rechte lijn omhoog

[C00P]

Krijg je een prijs als mede door jou akties er resultaat geboekt wordt ?
Zou het zeker aanmoedigen, is zoiets als de loterij dan (wie niet meespeelt kan niet winnen)

[Crack]

Als door gentherapie een aantal ziektes uitgebannen kan worden, is het voor de gemeenschap gunstiger de kennis algemeen beschikbaar te stellen.
Maar genomers gaan natuurlijk wel voor.

[Verwijderd]

m0000000000h

[Verwijderd]

Ik denk dat je niet moet vergeten dat Seti erg veel leuke add-ons kent, waarmee je kunt zeggen: "kijk, dat heb ik gevonden, gedaan etc". Bij andere dc-projecten mis je dat en mensen willen toch iets tastbaars zien. Wellicht ligt hierin de populariteit van Seti?

[JustMe]

Gefeliciteerd Genome@home?erts!!!
Nu hopen dat we een hoop extra leden krijgen zodat we nog hoger kunnen komen!!!

[Verwijderd]

Ook maar de client geïnstalleerd.
Op naar de 4 miljoen

[scorpionv]

Welkom nieuwe leden! Genome@Home is nu nog een relatief klein project, dus met weinig computerpower kun je toch je naam elke dag al in de stats zien

[Mobster]

Mooi en helder stukje! Iedereen gefeliciteerd en hopelijk zien nog een aantal tweakers het nut in van dit project.

Met jullie hulp kunnen we volgend jaar nog een keer goed nieuws melden en dan is je naam vereeuwigd op GoT

[YopY]

Ik vind dit project interresanter als bijvoorbeeld OGR, wie interreseert het nou wat hoeveel van die dingen je maken kunt? wat kun je ermee? en dan die RJ-nogwat. Dat is gewoon een wedstrijd, waarmee je 1000 piek mee verdienen kunt. Totaal 5000 piek prijzengeld. Wat boeit dat nou? zoals het nu lijkt, is het op het laatst over 5 jaar ofzo pas klaar! die vorige, met 64 bits, hebben ze iets van 1500 dagen over gedaan. Als ze nou die computertijd voor iets nuttigs gebruiken, dan was het wel goed. Maar die anderen zijn doelloos.