Strijd tegen gekke koeien

Sinds september 2000 zijn vele computers op de aardbol bezig door middel van simulaties te achterhalen hoe eiwitten zich vouwen. Elk organisch lichaam maakt constant eiwitstrengen aan welke zich vervolgens om zichzelf heen vouwen. Soms gaat dit mis en functioneren eiwitten slecht of niet, en soms beschadigen ze zelfs het systeem. Hoe en waarom dit gebeurt is onduidelijk, maar de gevolgen in ons lichaam kunnen ingrijpend zijn.

Alzheimer, Parkinson en zelfs de "gekke koeien ziekte", oftewel BSE, zijn terug te leiden naar verkeerd gevouwen eiwitten. Om juist deze ziekten te kunnen bestrijden, maar ook om meer inzicht te verkrijgen in dit proces wordt er veel onderzoek naar dit onderwerp gedaan.

Project

De bij Stanford University behorende Pande-Group werkt onder leiding van Vijay Pande aan zo'n onderzoek. Wetende dat zij hiervoor een inmense rekenkracht nodig zouden hebben is daarom besloten om de rekenkracht te distribueren over duizenden computers door middel van Distributed Computing. Vele individuen werken met hun eigen pc's om de werking van menselijke eiwitten beter te begrijpen. Grote groepen hiervan hebben zich aan een team verbonden en deze teams strijden onderling weer om de meeste resultaten te kunnen opsturen. Het eigen Distributed Computing team van Tweakers.net, de Dutch Power Cows, doet hier uiteraard ook aan mee. In de loop der tijd is de Folding community uitgegroeid tot bijna 250.000 mensen, welke gezamelijk dik 500.000 CPU's hebben ingezet.

Voortgang & Veiligheid

In april 2002 bereikte het project een belangrijke mijlpaal met het afsluiten van de eerste fase. De tweede fase in het onderzoek werd ingeluid met de lancering van een gloednieuwe client, die in samenwerking met onder andere Intel ontwikkeld is. Vrij recent lanceerde Folding@Home een nieuwe core: Gromacs. Deze core maakt gebruik van SSE-instructies om het rekenproces te versnellen. Een leuke wetenswaardigheid: de Gromacs-core is in ons eigen landje ontwikkeld.

Zoals een goed distributed computing project betaamt is de Folding@Home-client voor verschillende besturingssytemen te downloaden. Er is onder andere ondersteuning voor Windows, Linux en Mac OS X. De applicaties downloaden zelf de bijpassende core die het rekenwerk voor zijn rekening neemt. De ontwikkelaars hebben ook goed nagedacht over de beveiliging van data, aangezien resultaten worden verzonden met een 2048 bit encryptie. Verder zijn er slechts enkele door Stanford goedgekeurde clients beschikbaar welke enkel vanaf de Stanford site zijn te downloaden. Op deze manier wordt het rotzooien met resultaten zo goed als onmogelijk gemaakt. Cheaten door het meermaals opsturen van resultaten is ook niet mogelijk aangezien Stanford bijhoudt welke pc waarmee bezig is en wanneer deze het resultaat heeft opgestuurd. Dit komt het project ten goede aangezien mensen op deze manier ook niet kunnen cheaten om hun statistieken op te fleuren.

Actueel

Dat statistieken gunstig bijdragen aan een project, blijkt uit de gezonde strijd tussen teams onderling. Recentelijk kwamen The Knights Who Say Ni al op Gathering of Tweakers langs om ons duidelijk te maken dat zij op het punt staan ons in te halen. DPC kan dat natuurlijk niet laten gebeuren. Toch verliezen we het doel ook zeker niet uit het oog. Ziektes de wereld uit helpen, wie wil dat nu niet? Download dus vandaag nog de client en begin gezond mee te crunchen voor de Dutch Power Cows. Voor meer informatie is verder een uitgebreide FAQ beschikbaar, of kom eens langs op ons IRC kanaal #dpc op irc.sorcery.net.

Reacties (39)

[Anoniem: 62442]

Allemaal heel leuk en aardig, maar het zou beter zijn als we konden meehelpen met een oplossing om de dieren met respect te behandelen. Dat ziektes als varkenspest, vogelpest en gekkekoeienziekte juist in nederland het zo goed doen is geen verrassing. De dieren worden slecht behandeld, eentonig gevoerd, mogen niet naar buiten, kleine hokken, etc en zijn dus zwak. Daarnaast hebben we bijvoorbeeld meer varkens dan mensen in nederland, op een heel kleine oppervlakte dus de ziektes verspreiden heel snel.

Zodra men weer op kleinere schaal dieren gaat fokken heb je al deze ellende niet.

Ik heb liever dat ze wereldhonger / ongeneeselijke ziektes die mensen treffen onderzoeken dan dit soort ziektes die we zelf veroorzaakt hebben.

[Anoniem: 29047]

Dus je wilt beweren dat we zelf ziektes zoals Alzheimer, Parkinson en kanker veroorzaken?
(ok, ok..mensen die bijv. veel roken kunnen kanker over zich afroepen..maar er zijn nog genoeg 'onschuldige' mensen die het ook treft')

[Anoniem: 62442]

Ik heb het specifiek over BSE natuurlijk.

[Anoniem: 29047]

Ja, ho..wacht even ... je zegt zelf:

"Ik heb liever dat ze wereldhonger / ongeneeselijke ziektes die mensen treffen onderzoeken dan dit soort ziektes die we zelf veroorzaakt hebben"

Dan is het toch handig en mooi dat met de kennis (op eitwitgebied) die we opdoen met 1 project zowel op het gebied van mens ALS dier in vooruitgang kan resulteren??

This project does just that!

[NBK]

Het stomme is dat dat niet klopt...
BSE kan niet worden overgedragen via contact tussen dieren maar dat gebeurt via het voer. Varkenspest verspreid zich door het transporteren van dieren.
Maar van de vogelpest wordt beweerd dat het juist heeft kunnen onstaan doordat tamme kippen meer naar buiten kunnen en daar in contact komen met ziekte verwekkers..

[swampy]

Het mooie is hier wel dat je kan instellen hoeveel cpu hij van je kan nemen dus kun je heb mooi naast distributed.net draaien ( die bij mij OGR draait en ach.....inplaats van 100% maar 90% cpu vindt ik geen probleem hier ).

De oude clients waren vaak een bitch daarom ben ik juist overgestapt op distributed.net.

Maar een paar dagen proefdraaien met deze client. Oh ja...natuurlijk als Dutch Power Cow

[ArjanSp]

Ik deed ooit mee met die Folding corp.
Las later reacties elders met vragen of er een commercieel oogpunt aan vastzit.
Als ik dit artikel nu lees, ga ik toch denken om weer mee te doen.
Grtjs

[Oxi]

Bij doelen als RC* kun je je dat idd afvragen, maar folding, genome en seti lijken me toch vrij goede non profit doelen. Niet meer een in mijn ogen zinloze ( ) key kraken maar je pc laten werken voor (eventueel) nieuwe medicijnen en andere nuttige dingen.

[Wolfboy]

folding wel maar seti?

ik zit me toch sterk af te vragen of seti wel enig nut heeft.

ik heb ze inmiddels wel allemaal gehad hoor, rc64, rc72, folding, seti maar het heeft toch niet zo veel zin aangezien m'n pc al heeel veel staat te compilen (ik gebruik gentoo )


offtopic
linkje in het artikel naar stanford klopt niet het is .edu niet .edustanford

[Anoniem: 25502]

Ik doe nu mee aan RC5-72 maar die heeft eigenlijk helemaal geen doel (voor zover ik weet). Ik heb er al langer over na zitten denken om zoiets dergelijks te gaan doen en ik moet zeggen dat ik dit wel een goedie vind.
Het enige probleem is dat ik niet veel zin heb om zo'n 300 PC's af te gaan lopen en er een nieuwe client op te gaan zetten

[Vorkie]

hehe als ze aan een domein hangen met profielen gewoon eventjes een update doen via het logonscript

[JER00N]

Ik doe nu mee aan RC5-72 maar die heeft eigenlijk helemaal geen doel (voor zover ik weet).

RC5 heeft wel degelijk een doel

Zie http://www.distributed.net/rc5/

[Marcelloz]

Er is ook een slankere versie beschikbaar die geen grafische schil heeft en dus je toolbar niet in de war kan gooien. Ik weet niet precies waar je die kan ophalen, ik neem aan op dezelfde plek als de grafische client. Voor hulp kan je overigens altijd op GoT terecht.

[SandStar]

Folding@Home is zelfs ingebakken in de Google Toolbar.

Op het forum van Folding@Home valt te lezen hoe je die kan aanpassen om voor DPC te vouwen.

En wat betreft HTT:

Gewoon 2 keer console openen en deze als service laten runnen en je berekent 2 eiwitten tegelijk

[Confusion]

Sorry, maar persoonlijk vind ik SETI belangrijker om aan bij te dragen

[Anoniem: 77853]

sinds seti tenminste 1 maal in haar bestaan het heeft geflikt om alle paketten opnieuw te laten doen, ter validatie omdat hun eigen client brak was en soms corrupte resultaten terugstuurde kunnen ze mij de boom in.

bovendien kan de seti core 20x sneller lopen als ze hun fast fourier algoritme zouden optimaliseren, maar dat willen ze niet want dan is (een heel klein stukje van) de source-code niet meer processor onafhankelijk

seti is populair, maar heeft niet genoeg work units voor alle clients als de clients sneller zouden zijn. bovendien is hun zoekalgoritme, op z'n zachts gezegd, nogal dom.

[Noxious]

Weet je dat heeel zeker???

[Oxi]

Toch mis ik de nieuwswaarde van deze post?

Maar wat publiciteit voor een goed doel van DPC is zeker nooit weg

[Anoniem: 35085]

het 'technisch-wetenschappelijk' gehalte van tweakers.net berkeikt een dieptepunt en er zijn dus sommige mensen die daar iets willen aan doen...

[Anoniem: 78739]

Dat zou ik niet durven zeggen. T.net doet wat het moet doen: nieuwsberichten over hardware, software, internet, games en technologie de wereld insturen.

Dit heeft er zeker mee te maken, ik denk dat nog niet iedereen weet heeft van dit soort projecten en het is zeker positief om ook hierover te berichten. Het is voor het welzijn van elk.

Heb je enig idee in welke mate computers de laatste eeuw bijgedragen hebben tot de vooruitgang van de mensheid? En begin dan niet over de 5% dat de kennis/rekenkracht gebruikt wordt voor slechte doeleinden. Je hebt altijd misbruik van systemen, wetten,... Maar dat is slechts een kleine minderheid.

[boesOne]

En enig chauvinisme is Tnet natuurlijk niet vreemd. Zeker gezien de aankomende merge met GoT is het een goede zaak op de frontpage leuke/interessante zaken uit het forum een plek te geven. Net zoals met de Cartoon sequence.

[Anoniem: 21406]

het 'technisch-wetenschappelijk' gehalte van tweakers.net berkeikt een dieptepunt

Euh meen je dat nu ? Vanwege dit soort posts ? hmm, ehhh... Zeker vergeten dat DPC voorheen vrijwel dagelijkse postings had op de frontpages van T.net. Daarnaast zijn dit soort threads altijd een belangrijke stimulans voor velen om hun activiteiten ten aanzien van DPC te vergroten.

Aangezien er toch wel een duidelijke link bestaat tussen tweakers en distributed computing is de waarde van deze thread volgens mij nog helemaal zo gek niet ...

[TGEN]

Hij bedoelt dat deze post juist bedoeld is om die techno-wetenschappelijke waarde van tweakers.net een boost te geven.

[Anoniem: 53025]

hmz ik heb die onzichtbare client-install gedaan zoals beschreven op de faq pagina, maar het icoontje blijft zichtbaar?

[Cow_tipping]

Zou je deze vraag kunnen stellen op het forum.
Dan lossen we het fijntjes voor je op.

[Crack]

Als je niet als service kan/wilt installen, kan je HideX gebruiken om de cliënt te verbergen.

[Lief Adje]

Wij van DPC_Crazy_Cows vinden deze titel zeer kwetsend

[Anoniem: 78739]

Na het lezen van de titel dacht ik al dat er strijd gevoerd werd tegen distributed computing. 'Strijd tegen gekke koetjes...'

[Anoniem: 78739]

Ja, maar bij de Pentium 4 Hyperthreading wordt slechts één thread gebruikt, dan is je maximale processorbelasting slechts 50%.

De client stuurt bij mij alle tooltips in de war, zowel die op m'n taakbalk als die in andere programma's, dat is wel vervelend. Bij het afsluiten ervan gaan ze weer...

[Sepiroth]

Dan zet je er toch gewoon 2 aan
Doe ik ook met seti.