In plaats van alleen een op de supercomputers gespecificeerd besturingssysteem, zal IBM voor zijn nieuwe familie "Blue Gene" supercomputers een Linuxdistributie als een mogelijkheid qua besturingssysteem hebben, zo meldt C|Net. Het schema voor deze Blue Gene-computers is er op gericht om in eind 2005, of anders begin 2006 een supercomputerfamilie te creëeren die de kracht van één petaflop heeft. De eerste telg, Blue Gene/L zal over 65.000 processoren en 16 biljoen bytes geheugen beschikken. Deze supercomputer zal gebruikt worden voor het simuleren van nucleare oorlogsvoering.
De reden dat IBM voor Linux koos, is het feit dat het bedrijf eigenlijk maar twee keuzes had: Linux of een speciaal besturingssysteem. Dat men nu voor Linux heeft gekozen heeft alles te maken met het feit dat IBM denkt dat Linux dit soort taken aankan en omdat er een grote groep open-source ontwikkelaars achter zit, die voor de nodige input en feedback kunnen zorgen. Voor elke nieuwe telg van de supercomputerfamilie zal er zowel een specifiek OS als een Linuxversie verkrijgbaar zijn. De onderzoeksafdeling van IBM is momenteel aan het experimenteren met Linux op een grote cluster, om zo Blue Gene te kunnen simuleren.